进入21世纪，随着我国人口的迅速增长，城镇化进程的加快以及农业产业化和集约化程度的高速发展，农业面源污染问题已经成为我国多个流域水体污染的主要原因。然而，对于农业面源污染的治理，至今仍停留在点源污染的治理模式上，收效甚微。
    主要驱动因素有增无减
    来自中国农业科学院土壤肥料研究所的一项最新研究结果显示，我国水污染的核心问题是水体的氮、磷富营养化。21世纪初，在我国流域面积较大的水域，如滇池、三峡库区等，由于农业面源污染所造成的水体富营养化正在进一步加剧。其中来自农田、农村畜禽养殖和城乡结合部地带的生活排污，是造成流域水体富营养化的主要原因。
    研究分析认为，近年来，在一些流域地区，蔬菜、水果和花卉的种植面积大幅度增长。而在蔬菜、水果和花卉种植过程中，农药、化肥和有机肥的超高量使用现象十分常见。有的地区单季作物氮化肥纯养分用量为普通大田作物的数倍，甚至数十倍。而作物对氮肥的利用率仅为10%左右，远低于大田作物平均35%的氮肥利用率。高肥料用量的蔬菜、水果和花卉农田的不断扩大，正在成为我国流域水体富营养化的最大潜在威胁。
    另一方面，农村畜禽粪便污染已成为农业面源污染的主要来源。在畜禽存栏量成倍增长的同时，农村建设占地使得可有效销纳畜禽粪便的农田面积不断减少，集约化的养殖使得某些地区畜禽粪便的产出量已经大大超出了当地农田可承载的最大负荷。我国目前绝大多数农村畜禽储粪池建设不规范，许多养殖户通常是将畜禽的液态粪水直接排放到沟渠中。
    城乡结合部地带缺少排污管网等基础设施，以及城乡结合部地带的快速扩张，使面源污染形势进一步加剧。
    农业面源污染控制的误区
    中国农业科学院土壤肥料研究所研究员张维理认为，由于对面源污染、特别是农业面源污染的认识和采取的控制对策方面仍存在较大的误区，因此影响到了治理效率。张维理指出，中国在水污染治理中存在的最主要的问题是没有对点源和面源进行分类控制。面源污染的特征是产生于整个区域内。而中国对湖泊等农业面源污染的治理，目前还主要按照点源污染的治理模式，试图通过一些位于河口、河道地带示范区的工程获得成效，而没有按照对农业面源污染控制的基本规则，进行源头总量控制。
    在流域治污上，近年来虽然也制定了不少农业环境方面的相关法规和技术标准，但这些标准主要是污水排放标准，依然为末端控制的体现。例如，为减少和控制畜禽养殖场造成的面源污染，从中央到地方出台了一系列农村畜禽养殖场污水排放标准。但是，通过对我国农村的大量调查显示，除了极少数政府投资的形象工程外，我国农村能采用污水处理设备的畜禽养殖场极少。因此，农村畜禽养殖场污水排放标准在控制畜禽养殖场所造成的面源污染上，基本不具有实际意义。
    另一方面，在我国农业面源污染严重的各大流域，目前对有着高污染风险的蔬菜、水果和花卉等农作物的种植仍没有任何限制和相关技术标准。如在滇池流域，一方面国家不断加大治理污染的投资和工程建设，另一方面流域内氮、磷养分大量施用，浅根系的蔬菜、花卉大棚迅速发展。一些村镇的农田几乎全部种植了蔬菜和花卉，而施肥量低、环境友好的水稻几乎绝迹。由于缺乏分类控制，随着今后蔬菜、水果和花卉等面积的大幅度增长，农田排放的氮、磷将继续增长，水污染治理难度将会有增无减。
    分类治理
    对于农田造成的农业面源污染，张维理认为，应采取源头控制策略，一方面在全流域内推广农田最佳养分管理，杜绝农田氮、磷肥料的过量施用；另一方面在水体富营养化严重的流域，从水源保护的需求出发，合理划定流域内不同级别的水源保护区，制定并试行水源涵养地、水源保护区的限定性农田生产技术标准，依托流域管理部门和农村农业技术推广体系，建立源头控制的监督机制。
    对畜禽养殖场造成的面源污染，应以在较低成本下促进畜禽粪便还田为目标，通过对运输设备、施肥设备等的技术改造和规范农田施用技术来提高畜禽有机肥的利用率，减少畜禽养殖场氮、磷的径流损失。对城区面源污染，核心问题则是通过基础建设，改造老城区超负荷、陈旧的排污管网，在新形成的城区内及时铺设排污管网。张维理建议，在有条件的地区试行“绿箱政策”，鼓励和推动农民广泛采用环境保护的替代技术和生产模式，以提高农业资源利用率，减少农业面源污染，促进农业技术的升级换代。