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渤海湾生态监控区 生态系统处于亚健康状态。海域无机氮和活性磷酸盐污染严重，四类及超四类海水水质的海域面积分别为40%和20%，水体呈富营养化状态，营养盐比例失衡。浮游植物密度增加，6月份浮游植物平均密度为1.3×106细胞/立方米；浮游动物种类组成发生改变，海洋鱼类的重要饵料生物哲水蚤在浮游动物中的比例下降，6月份和8月份浮游动物的优势种类为强壮箭虫、磁蟹的蚤状幼虫、长尾类幼虫和短尾类蚤状幼虫等，哲水蚤已形不成优势种类。产卵场退化，鱼卵、仔鱼种类少，密度低，平均每立方米有2个鱼卵和仔鱼。海洋渔业资源明显衰退，如塘沽区年渔业捕捞量由80年代末的4到5万吨，下降到近两三年来的1.3万吨。滨海湿地减少幅度超过50%。
陆源污染、过度捕捞和围填海工程等是影响渤海湾生态系统健康的主要因素。
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黄河口生态监控区 生态系统处于不健康状态。60%以上海域无机氮达到或超过四类海水水质标准，水体富营养化严重，营养盐比例严重失衡，8月份氮磷比平均为482:1。浮游植物密度和浮游动物生物量增加，8月份浮游植物平均密度为6.6×106细胞/立方米，5月份浮游动物平均生物量为1 298毫克/立方米；底栖动物生物量减少，5月份平均栖息密度为902个/平方米，平均生物量为6.3克/平方米。产卵场严重退化，鱼卵、仔鱼种类少，密度低，平均每百立方米仅有数个鱼卵和仔鱼。岸线存在淤积和侵蚀现象，近三年间，小沙嘴向海域方向淤进约3公里，造陆面积约12平方公里；原大沙嘴顶端继续蚀退约1.5公里。
陆源排污、黄河水入海量减少和过度捕捞等是导致黄河口生态系统不健康的主要因素。
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长江口生态监控区 生态系统处于不健康状态。水体富营养化严重；营养盐比例严重失衡，5月份和8月份表、底层海水氮磷比分别为102:1、57:1和51:1、36:1；在长江口东部海域底层溶解氧含量非常低，5月份为四类水质，溶解氧含量最低值为3.1毫克/升，8月份底层溶解氧含量更低，为劣四类水质，溶解氧含量的最低值仅为1.3毫克/升。长江口浮游植物和浮游动物种类组成显著变化，长江河口区的浮游植物在20世纪90年代初期有97种，90年代末期降低至63种左右，2004年浮游植物的种类数进一步下降，5、8月份分别为21和42种，与90年代初相比减少了一倍多；从种类组成上看主要是硅藻种类数减少，而微型甲藻种类比例相对上升。长江河口区浮游动物在20世纪80年代初期有105种，90年代初仅有76种左右，减少28%，90年代末期进一步下降为20种左右，2004年5、8月份分别为25和31种，与90年代初相比减少60%左右。底栖动物生物量减少，海洋生物群落结构趋于简单，生物多样性显著降低，2004年5月份长江河口区底栖动物种类数仅为20世纪80年代初的20%左右，密度和生物量都很低，平均栖息密度为2.5个/平方米，平均生物量为0.08克/平方米，75%的水域采不到底栖动物。产卵场退化，鱼卵、仔鱼种类少，密度低，平均每立方米有0.5个鱼卵和1.0个仔鱼。长江流域大型水利工程建设导致长江口淡水和泥沙入海量减少，其中，淡水入海量减少20%以上。海水入侵加剧，长江口北支0米以下的河槽容积减少了近60%。滩涂围垦面积不断增加，潮滩湿地资源损失严重，近3年间围垦总面积1万多公顷，从1989年至今，一共围垦近4万公顷。
陆源排污、河口航道整治、滩涂围垦等开发活动是威胁长江口生态系统健康的主要因素。
大亚湾生态监控区 生态系统处于亚健康状态。大亚湾水质状况良好，海洋生物及沉积物质量总体良好。红树林生境丧失严重，1986年至1994年红树林生境由84公顷降至4公顷，1999年以后才基本稳定，生境面积维持在3.6公顷左右。港口建设、海水养殖等海洋开发活动导致潮间带生境遭受一定程度的破坏，滩涂湿地生境丧失严重，海岸线发生明显变化。渔业资源量下降，产卵场功能出现衰退现象，局部海域受到热污染影响。
围填海，海水养殖，港口建设及不合理的开发活动是威胁大亚湾海洋生态健康的主要因素。随着沿岸石油化工业的大规模快速发展，油类等化学污染对大亚湾生态系统健康将形成潜在威胁。
珠江口生态监控区 生态系统处于不健康状态。春季95%以上的海域无机氮超过四类海水水质标准，50%以上的海域活性磷酸盐达到或超过四类海水水质标准，营养盐比例严重失衡，水体呈严重富营养化状态。滩涂生物受到重金属铜、铅、镉、锌和石油烃的污染。底栖生物生物量低，7月份平均生物量为17.2克/平方米，种类组成趋于小型化。鱼卵种类数量较少，7月仅有5种。整个珠江口的潮间带生境受到毁灭性破坏，1988年以来，仅伶仃洋水域面积减少200多平方公里，湿地功能严重丧失，1995年以来，深圳保安沿海海域填海面积不断扩大，至2004年原有海岸带地质地貌发生了显著变化。非法采砂还导致部分海域水动力条件改变，海岸侵蚀加重。海平面上升威胁到珠江口滩涂湿地的生态健康。
围填海、陆源排污、不合理的海水养殖是引起珠江口生态系统健康状况下降的主要因素。
雷州半岛西南沿岸生态监控区 生态系统处于健康状态。监控区总体环境质量良好；饵料生物种类丰富、生物量较高；游泳生物资源量保持较高水平，资源量为707公斤/平方公里，密度为104942尾/平方公里，主要渔业资源依次为虾类、鱼类和头足类，资源量分别为329公斤/平方公里、308公斤/平方公里和28公斤/平方公里，资源结构趋于正常；珊瑚礁种类丰富，近年内未出现死亡现象，且监测区域内已有零星的珊瑚补充。但局部区域水体悬浮物含量高，最高达45.3 毫克/升，同时观察到部分珊瑚礁覆盖大量沉积物，个别珊瑚出现白化现象。
随着监控区内渔业开发活动由以捕捞为主向养殖为主的转变，雷州半岛西南沿岸生态系统的健康受到潜在威胁。
广西北海生态监控区 生态系统处于健康状态。监控区总体环境质量良好，红树林成体植株密度为6.9棵/十平方米，平均胸径为7.7厘米，幼苗平均密度为8.1株/十平方米，红树林生长与繁殖正常。林区底栖生物种类多样性丰富；红树林生境恢复迅速，近年来有树面积增加10％。涠洲岛活珊瑚的平均盖度为20.4%，珊瑚礁鱼类蝴蝶鱼、老鼠斑、石斑鱼等目标观测种类密度较高，总平均密度为34尾/百平方米，近年未出现珊瑚病害及死亡现象。目前已发现海草草场6个，总面积约400公顷，主要分布在英罗港和沙田一代；淀洲沙下量尾和英罗港两个监测区域海草平均密度为25株/平方米，平均生物量为8.4克/平方米，主要分布种类为二药藻和喜盐草，海草床分布区域及种类组成趋于稳定，未出现严重退化和破坏现象。涠洲岛港口建设等人为开发活动影响到周边海域珊瑚礁生态系统；互花米草的大量繁殖与扩散已危及红树林的生长与生存；红树植物白骨壤出现了大面积的虫害。
陆源污染、不合理的工程开发及养殖活动以及外来物种引入威胁到广西北海生态系统健康。
海南东海岸生态监控区 生态系统处于健康状态。监控区绝大部分海域水质状况良好。海草床生态系统相对稳定，黎安、新村港及高龙湾等水域海草盖度及植株密度均保持较高水平，其中，黎安海域二药藻平均盖度达97%，新村港及高龙湾海域泰来草平均盖度分别为73%和57%。近年来海南东海岸珊瑚礁生态系统相对稳定，珊瑚生长基本正常，未出现严重的病害及破坏现象。蜈支洲、榆林湾及鹿回头海域活珊瑚的平均盖度分别为51%、26%和20%。多数区域珊瑚恢复显著，硬珊瑚补充量最高达1个/平方米。过度捕捞导致珊瑚礁鱼类及经济虾、蟹、贝种群数量急剧减少。海水养殖导致长玘港等局部海域水体富营养化、底栖藻类大量繁殖；水体悬浮物含量高、透光率下降，对珊瑚礁的正常生长与繁殖产生了严重威胁。河口及排污口附近污染呈加重趋势，榆林湾、三亚河附近珊瑚礁受到一定程度损害。
陆源排污、过度捕捞、不合理的海水养殖活动等威胁到海南东海岸海洋生态系统健康。
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