受采煤影响，鄂尔多斯生态站主站区内科研和生活用房于2013年全部损毁。根据2013年中国科学院植物研究所和内蒙古鄂尔多斯市的协议精神，鄂尔多斯市政府保障鄂尔多斯站功能完整性、工作延续性、长期安全性。在中科院CERN办公室、中科院植物所和地方政府等各方领导关怀下，在各行政主管部门的积极协助下，2014年，在地面沉降稳定后，鄂尔多斯生态站主站区恢复重建工作顺利启动。目前已完成重建立项、方案设计、规划审批、施工图设计，正在进行投资预算和招标工作。2015年将全面开展主站区重建工作，预计1年内完成所有的恢复重建工作。