通过工作人员数月的调查发现，目前，在21.24公里的南湖岸线上，分布有25个排污点，共计大小数十个排污口“团团包围”，每天向南湖排放污水21.2万吨，其中近7成污水未经处理直排南湖。由于长期受到污水污染，南湖目前的水质已低于五类（最差）水体标准。

按照计划，治理南湖水污染将分为四步，对周边排污口实施截污是第一步，即通过两到三年的努力，截住排向南湖的9成污水，并通过低密度放养鱼类、实施湖泊面源污染治理和扩建龙王嘴污水处理厂等手段，使南湖的水质有所改观。

在截污工作完成后，还将进行计划清淤、引水、生态修复。因这些工作工作量和投资金额都很大，全部工作完成，时间将长达数十年。

受周边开发的影响，南湖目前的污染主要来自于养殖污水和生活污水。