为进一步做好赤潮的防灾和减灾工作,2004年,国家海洋局将我国近岸的15个重点生态敏感区增设为赤潮监控区,使其总量达到33个。其中,渤黄海13个,东海11个,南海9个,从整体上扩大了赤潮的监控范围。在监控区内开展了高频率、高密度的监视监测,保证对监控区内赤潮的发现率达百分之百,并及时发布赤潮发生、发展相关的信息。赤潮灾害发生时,当地海洋行政主管部门采取有力措施,及时启动应急预案,密切关注赤潮动态,加强赤潮毒素检测工作,确保了不让受赤潮毒素污染的水产品进入市场,保障了人民群众的身体健康和生命安全;同时提请相关部门采取必要措施,确保将赤潮对养殖业的损失降到最低限度。
  2004年,全海域发现赤潮的次数较上年减少,面积增加,其中大面积赤潮集中在东海和渤海。 
2003~2004年各海区赤潮发生情况对比
| 海 区 | 赤潮发生次数 | 累计发生面积 | 
| 2003年 | 2004年 | 2003年 | 2004年 | 
| 渤 海 | 12 | 12 | 460 | 6 520 | 
| 黄 海 | 5 | 13 | 410 | 820 | 
| 东 海 | 86 | 53 | 12 990 | 17 880 | 
| 南 海 | 16 | 18 | 690 | 1 410 | 
| 合 计 | 119 | 96 | 14 550 | 26 630 | 
  全年共发现赤潮96次,较2003年减少约19%;赤潮累计发生面积约26 630平方公里,较2003年增加约83%。其中,在赤潮监控区内发现赤潮56次,累计面积近1 4510平方公里,分别占到全海域赤潮累计发生次数和面积的58%和55%。全海域共发生100平方公里以上的赤潮34次,其中,500平方公里以上的赤潮16次,接近或超过1 000平方公里的赤潮10次,均比上年有所增加。大面积赤潮集中在渤海、长江口外和浙江沿海。有毒赤潮生物引发的赤潮20余次,面积约7 000平方公里。主要有毒赤潮生物为米氏凯伦藻、棕囊藻等。    
 
2003~2004年沿海省(自治区、直辖市)赤潮发生情况对比
| 省、市 | 次  数 | 面积(Km2) | 主要赤潮生物种类 | 
| 2003年 | 2004年 | 2003年 | 2004年 | 2003年 | 2004年 | 
| 辽 宁 | 5 | 6 | 220 | 520 | 夜光藻 | 夜光藻、棕囊藻 sp. | 
| 河 北 | 6 | 3 | 90 | 260 | 夜光藻 | 夜光藻 | 
| 天 津 | 1 | 4 | 100 | 3 230 | 海洋卡盾藻 | 米氏凯伦藻 | 
| 山 东 | 5 | 10 | 460 | 3 230 | 红色中缢虫 | 球形棕囊藻、红色中缢虫 | 
| 江 苏 | 0 | 2 | 0 | 100 | —— | 多纹膝沟藻、夜光藻 | 
| 上 海 | 8 | 4 | 2 280 | 1 100 | 中肋骨条藻 | 具齿原甲藻、中肋骨条藻 | 
| 浙 江 | 49 | 38 | 8 970 | 16 460 | 具齿原甲藻 | 具齿原甲藻 | 
| 福 建 | 29 | 12 | 1 740 | 320 | 夜光藻、具齿原甲藻 | 夜光藻、具齿原甲藻 | 
| 广 东 | 14 | 17 | 650 | 1 380 | 中肋骨条藻 | 中肋海链藻、棕囊藻 sp. | 
| 广 西 | 1 | 1 | 10 | 30 | 红海束毛藻 | 红海束毛藻 | 
| 海 南 | 1 | 0 | 30 | 0 | 球形棕囊藻 | —— | 
  2004年各海区赤潮发生的主要特点为:  黄海  首次赤潮发生于3月下旬,高发期在8~9月。赤潮发生次数和面积分别比2003年增加约1.5倍和1倍,但多为小范围发生;赤潮生物种类繁多,以甲藻为主。  
 渤海
渤海  赤潮高发期集中在6月。赤潮发生次数与2003年持平,但累计面积较上年增加约13倍。其中,6月11日黄河口附近海域棕囊藻赤潮面积约1 850平方公里;6月12日天津塘沽附近海域至渤海湾中东部和北部海域米氏凯伦藻赤潮面积约3 200平方公里。棕囊藻与米氏凯伦藻均为有毒藻类,在渤海引发赤潮尚属首次。  
东海  赤潮发生次数虽较2003年减少约37%,但累计面积较2003年增加约45%,为历史最高水平。赤潮发生次数和累计面积分别约占全海域的56%和68%。赤潮高发期集中在5~6月,其中,5月中下旬浙江近岸海域发生赤潮25起,累计面积近13 000平方公里。大面积赤潮集中在长江口外嵊山海域、中街山列岛邻近海域,渔山列岛至南麂列岛等浙江中、南部海域。主要赤潮生物为具齿原甲藻(无毒),由该种形成的赤潮分别占到整个东海区赤潮累计发生次数和面积的76%和94%。  
南海  赤潮发生次数与2003年持平,但累计面积较上年增加1倍。其中,11月中旬在汕头广澳岛附近海域爆发的棕囊藻赤潮面积超过600平方公里。
2004年6月11~12日,中国海监飞机和船舶在渤海海域发现大面积有毒赤潮。国家海洋局及时向公众通报赤潮发生及变化动态,会同国家质量监督检验检疫总局、卫生部等部门成立联合督察组,确保实现对赤潮动态的有效监控,将赤潮对养殖业的损失降到最低限度,有效防止了受赤潮毒素影响的海产品流入市场,保障了人民群众的身体健康和生命安全。