中国环境与发展国际合作委员会（简称国合会，CCICED）的“中国农业面源污染控制对策”课题组成立于2003年7月。课题组的中心任务是确定一系列可选择的政策用来控制作物生产中的面源污染问题，从而提高农田的净收益。课题组中方组长是全国政协常委、江苏省政协副主席朱兆良院士，外方组长是伦敦大学学院的David Norse教授。中方委员包括杨林章、张林秀、刘健、张福锁、张维理，外方委员包括David Powlson、A.F. Bouwman、Yuelai Lu、Katsuyuki Minami、Deli Chen。孙波为课题组协调员。课题组首先评价使用化肥、有机粪肥和农药而造成的面源污染状况和变化趋势，结合对湖泊富营养化的评价，重点选择三个研究基地，包括江苏宜兴（水稻）、河南封丘（小麦－玉米）和山东寿光（蔬菜），从生物物理过程和社会经济过程两个方面研究和确定不同的耕作系统中面源污染的现状和控制措施。工作组充分利用和采用课题组成员承担的现有项目的成果，主要包括中科院的知识创新项目“中国主要农田生态系统氮磷钾迁移转化规律与优化管理”、国家“十五”重大科技专项“太湖水污染控制与水体修复技术及工程示范项目”和 “河网区面源污染控制成套技术” 专题。课题组还与国合会的相关项目（环境和自然资源定价与税收项目）合作，考虑用经济评价的方法来限制面源污染，和对农民收入和农村贫穷有关的任何控制措施。在此基础上，结合欧盟等国际相关经验的研讨，并征求了国家环保总局、农业部等部门和专家的意见，最终提出中国粮食生产中面源污染的控制对策。报告由朱兆良、孙波、杨林章、张林秀等执笔。

目前农业面源污染影响了土壤、水体和大气的环境质量。首先是累积于饮用水源和土壤中的化肥和农药对沿海省份的广大居民健康构成了威胁。2002年7个省份处于硝酸盐污染的高风险区，按目前的发展趋势，到2010年，处于高风险区的省份可能增加到13个。调查表明，目前50%的城市地下水不同程度地受到污染，其中华北地区的污染尤为严重。京、津、唐地区14个县市NO₃-N含量超过11.3 mg/L（欧盟标准）的达50％，最高者达68mg/L。在苏、浙、沪的16个县中，饮用井水硝态氮超标率达38.2％（国家地下水质量标准为NO₃-N≤20mg/L）。关中灌区和渭北旱塬地区24个县的饮用井水中硝态氮含量超过国标的占29.7%。1980年全国农田耕层土壤中六六六总体残留水平为0.742 mg/kg，DDT为0.419 mg/kg，当时全国受有机氯农药污染的耕地面积约有1400万公顷，约占全国总耕地面积的1/10。

其次是引起湖泊、河流、浅海水域生态系统的富营养化，水藻疯长，鱼类等水生动物因缺氧数量减少甚至全部死亡，引发赤潮。同时氮肥气态损失的成分（氧化亚氮）是对全球气候变化产生影响的温室气体之一，并破坏臭氧层。据2000年对全国131个湖泊的营养程度评价表明，61个湖泊富营养化（占被调查湖泊面积的42.3%），54个湖泊中度营养化(占被调查湖泊面积的43.1%)。大型淡水湖泊和城市湖泊均为中度或重度污染，75%以上的湖泊富营养化加剧，特别是在长江中下游和云贵高原的湖泊。“973”项目“土壤质量演变规律与持续利用”（1999－2004年）在太湖地区的研究表明，人畜粪尿和生活污水对水环境中N负荷的贡献率分别占34%和14%，农田施肥占24%，工业生产占22%，水面养殖业占6%。

此外，过量施肥和施用农药降低了我国农产品在国际市场的竞争力。化肥和农药投入及伴随的劳力成本是我国粮食生产成本的主要组成部分。化肥和农药的过量使用导致成本不必要的增加，而且农药残留使农产品质量下降。同时农民收入减少，农田净收益减少10-30％。

“中国农业面源污染控制对策”课题组认为：我国农业生产中过量使用化肥和农药相当普遍，已经导致东部沿海地区严重的面源污染（也称为非点源污染），成为中国水环境和大气环境污染的重要原因之一，应该尽快采取相关政策，进行环境立法，着手流域环境综合治理工作。